Еще одно дополнение к франшизе «Призрак в доспехах», рассказывающее о появлении Девятого отдела МВД Японии. Отдел занимается различного рода расследованиями, которые не под силу вести полиции.
В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко — киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все так просто, Кукловод оказывается разумным вирусом, разработанным «коллегами» из Шестого отдела для промышленного шпионажа и т. д., в деле оказывается замешана политика.