Ученик старшей школы, Эмия Широ, невольно становится участником войны за Святой Грааль, которая проходит в японском городе Фуюки каждые 60 лет. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом — Святым Граалем, который исполнит любое желание победителя и, таким образом, изменит его судьбу. Каждый маг с момента своего начала участия в войне призывает слугу — одну из великих героических душ прошлого или будущего — сражающегося на стороне своего хозяина. Битва ведется до тех пор, пока не останется лишь один мастер со своим слугой. Эмия Широ случайно призывает Сэйбер — слугу, поставившую себе цель добраться до Грааля любым путём. Однако, он не желает участвовать в битве, так как в прошлой войне потерял всю свою семью. Эмии начинает помогать Тосака Рин — сильный маг, которая учится в той же школе, что и Широ. Но правила войны Святого Грааля указывают на то, что рано или поздно им предстоит сразиться между собой...